4 stycznia 1940 roku Miejski Urząd Budowlany złożył propozycję rozbiórki kościoła pojezuickiego na Starym Rynku czterem firmom budowlanym: Maxa Reicha (Hoch und Tiefbau A.G.), Hansa Mielkego (Baugeschäft Maschinenbautischlerei), Brunona Wiesego (Baugeschäft und Zementwarenfabrik) i Richarda Mielkego (Hoch und Tiefbau, Holzidustrie). Trzy pierwsze nie przyjęły oferty. Zadania podjęła się ostatnia, której zlecono również rozbiórkę innych budynków wokół kościoła. Prace rozbiórkowe prowadzono na koszt gminy miejskiej. Według kosztorysu z 27 marca 1941 roku wyniosły 25 391,48 marek, a gmina przejęła cegły do powtórnego wykorzystania. Rozbiórka i sprzątanie gruzu trwały od lutego do kwietnia 1940 roku. W pracach brało udział, w zależności od zakresu, od 35 do 77 osób, w tym cieśle, murarze i czeladnicy murarscy.
Świadkiem i uczestnikiem rozbiórki był muzealnik i kustosz Kazimierz Borucki, zatrudniony przed wybuchem wojny w Muzeum Miejskim. Krótko po II wojnie światowej opublikowano jego relację z burzenia kościoła. Rozpoczyna ją od stwierdzenia, że "Werner Kampe za zgodą Gauleitera Forstera z Gdańska, zarządził, aby jak najprędzej przystąpiono do rozbiórki kościoła".
W poniedziałek, 8 stycznia 1940 roku po ostatniej mszy świętej ksiądz Kaluschke przeniósł Przenajświętszy Sakrament do kościoła farnego, a robotnicy rozpoczęli demontaż ołtarzy i sprzętów kościelnych. Do pobliskiej fary zaniesiono ołtarz boczny z obrazem Maksymiliana Piotrowskiego przedstawiającym Najświętszą Marię Pannę Niepokalanego Poczęcia, do kościoła księży Misjonarzy na Bielawach zaniesiono ołtarz Serca Jezusowego,a także ławy, ornaty, konfesjonały i bieliznę kościelną. Do kościoła Antoniego na Czyżkówku przeniesiono ołtarze św. Wojciecha i św. Józefa, duży świecznik pająk (mosiężny), wieczną lampkę, tabernakulum i części rzeźbione w drzewie z wielkiego ołtarza oraz ambonę. Do Muzeum Miejskiego trafił obraz olejny z wizerunkiem św. Ignacego Loyoli z wielkiego ołtarza (obecnie znajduje się w kościele w Jastrzębiej Górze) i osiem drewnianych rzeźb, m.in. pozostający w zbiorach Muzeum Okręgowego XVII-wieczny kartusz z wizerunkami jezuitów.
